تدور أحداث الجزء الثاني من مسلسل "قلع الحجر" حول قضايا اجتماعية واقتصادية معقدة يعاني منها المجتمع الصعيدي، خصوصًا في محافظة قنا. يركز المسلسل على مواضيع مثل الاتجار بالسلاح، بالإضافة إلى تسليط الضوء على الأزمات التي تواجه الأسر الصعيدية، بما في ذلك تسلط الوالدين ومعاناة المرأة.